Князь Николай Борисович Юсупов
После кончины И.М. Юсуповой владельцем села стал князь Николай Борисович Юсупов (1751–1831), один из самых известных и богатых вельмож екатерининского века. Князь жил в древних своих палатах в Москве в Харитоньевском переулке и имел роскошное подмосковное имение в с. Архангельском, где он не раз принимал царствующих особ. Он был одним из просвещеннейших людей своего времени, дружил с А.С. Пушкиным. Великий поэт посвятил князю Николаю Борисовичу оду "К вельможе".
При Николае Борисовиче Юсупове на рубеже XVIII – XIX веков усадьба Спасское-Котово переживала небывалый расцвет: была создана регулярная планировка с «прешпектовыми» аллеями, оранжереями, регулярными садами, копаными прудами. В селе работала суконная фабрика, был построен кирпичный завод. В отказных книгах за 1790 год записано: «В селе Спасском, Котово тож, церковь каменная Спаса Нерукотворенного Образа с приделом Владимирския Божия Матери, деревянный дом с деревянными службами. Легулярный сад с оранжереями, с плодовитыми деревьями, 4 пруда, кирпичные заводы». До приобретения в 1810 году имения Архангельское в Звенигородском уезде Николай Борисови летнее время проводил в Спасском.
В 1820 году в северо-западном углу четверика храма была похоронена невестка Николая Борисовича Юсупова Параскева Павловна (урожденная Щербатова) (1795-1820).
В 1831 году князь Н.Б. Юсупов скончался в Москве и, согласно завещанию, был погребён за алтарём Владимирского придела. Через год над его могилой выстроили часовню-усыпальницу. Квадратная в плане палатка, с двумя крыльцами у входов, с северной и южной сторон вплотную примыкает к апсиде северного придела.
Тогда же, в 1832 году, был начат ремонт церкви: растесаны оконные проёмы, по-видимому, изменилась и их форма.
Облик храма был изменен во вкусе нового времени: стены были подняты на высоту усыпальницы, был срублен первоначальный карниз и по верху стен уложен новый - белокаменный - по периметру храма (при современной реставрации сохранились оба карниза). Такой же карниз был устроен и по верху четверика колокольни. Дверные проемы тоже были весьма расширены. Однако увидеть старинные размеры можно и теперь: вход и окна келии под ярусом звона колокольни не изменились. А также в ходе реставрационных работ было решено оставить более древний размер прохода из храма в придел (даже человеку среднего роста приходится наклоняться).
Эти перестройки, по-видимому, заняли 4 года. Владимирский придел заново освящен был только в 1836 году.
Князь Борис Николаевич Юсупов (1794-1849), при котором произошло обновление храма, был умелым хозяйственником, что благоприятно сказалось на быте его многочисленных поместий и живших там крестьян. Его благотворительность, особенно в годы эпидемии холеры и страшного неурожая 1834–1835 годов, стяжала ему славу филантропа. Ухаживая за больными, Борис Николаевич заразился тифом и скончался в Петербурге в 1849 году. По завещанию тело привезли в Спасское имение и погребли в склепе рядом с его первой супругой Параскевой Павловной в северо-западной части четверика. Останки князей находятся там и сейчас. Они были открыты при разборке полов во время реставрации и после служения панихиды заложены плитой, на которой написано: «Со святыми упокой».